Durante muchos siglos los hongos se ubicaron, por exclusión, en el reino vegetal, no eran animales y por tanto eran plantas. Botánica y zoología eran las disciplinas de la biología que estudiaban plantas y animales y los hongos se incluían en la primera. Pero los naturalistas siempre lo tuvieron claro y, desde el siglo XVIII, hubo ya una cierta separación a la hora de abordar, con detalle, el estudio de las plantas y los hongos. Había tanta cantidad de diferencias entre ellos que era necesario un cierto nivel de especialización. Surgió así la micología, como una rama de la botánica, que nacía con la vocación de dedicarse exclusivamente al estudio de los hongos.
Siempre constituyeron un grupo aparte dentro de la botánica. La ausencia de verdaderos tejidos, los convertía en organismos amorfos, sin una diferenciación clara de funciones, sin raíz, tallo, hojas, ni vasos conductores que les permitieran regular el fluido de líquidos e incapaces de controlar la transpiración los que les convertía en organismos muy vulnerables a la desecación que necesitaban vivir en lugares húmedos y sombríos. La falta de clorofila los hacía muy dependientes de otros seres vivos a los que necesitan parasitar, carroñear o, en el mejor de los casos, con los que precisaban establecer alianzas de supervivencia. Su extraño comportamiento, de marcada fenología, la heterogeneidad de sus formas y la diversidad de tipos de vida parecían augurar que los hongos era un grupo de seres que, más temprano que tarde, abandonarían el reino vegetal.
Esto sucedió a finales de los años 60 cuando Whitaker (Science 163: 160. 1969) estableció un nuevo reino, el de los hongos (reino Fungi); un quinto reino que se venía a unir al resto de los que integraban el conjunto, hasta entonces monolítico, de los reinos de los seres vivos.
Pero lo que tradicionalmente se habían considerado hongos, es decir un amplio conjunto de organismos eucariotas, heterótrofos, constituidos por filamentos ramificados, o más raramente por células simples, que se reproducen por esporas, se vio que era un grupo polifilético y muy artificial.
Estudios de ultraestructura, rutas metabólicas y, sobre todo, los resultados obtenidos con la aplicación de las técnicas de biología molecular a los estudios de sistemática de los hongos hacían insostenible la ubicación de los mismos en un único reino; la conclusión fue que más bien lo que conocemos como hongos era un grupo tan heterogéneo de organismos que se debían incluir en tres reinos diferentes.
Hay así por tanto hongos diseminados por el reino Chromista, en Protozoa y en el Fungi propiamente dicho. De ellos únicamente Fungi está integrado en exclusiva por hongos mientras que los otros dos agrupan organismos, fundamentalmente, no fúngicos.
Pero en la actual división de los seres vivos en diferentes reinos no está aún todo claro y hay cuestiones todavía sin resolver de modo que, para algunos prestigiosos científicos, Chromista y Protozoa siguen constituyendo un único reino de organismos al que llaman Protoctista o Prostista, aunque esta conclusión, en la actualidad, es difícil de sostener a la luz de los datos que proporcionan las fuentes de evidencia moleculares y bioquímicas.
En un repaso apresurado por los tres reinos podemos decir que en Chromista, las especies que en sentido amplio se consideran hongos son un grupo reducido de unas 750, algunas terrestres y muchas de ellas acuáticas que viven en aguas dulces y saladas como parásitos o saprobios en restos de algas, plantas, insectos, o vertebrados. El grupo más abundante Oomycota, con casi 700 especies, tiene un gran interés económico pues son parásitas de plantas utilizadas en alimentación como la vid y la patata o en la industria como el tabaco. Su característica morfológica fundamental es que presentan zoosporas con dos flagelos desiguales, uno provisto de dos filas de mastigonemas y otro liso (fig. 2).
En el reino Protozoa, las especies que estudian los micólogos rondan las 850 e incluyen organismos que, en una parte de su ciclo de vida, presentan una fase de plasmodio, fagocítica, es decir que tienen la capacidad de moverse y se alimentan por ingestión, pero que en el momento de la reproducción lo hacen por esporas que se originan en esporangios (fig. 3). Considerados en otro tiempo mitad animales mitad vegetales colonizan un gran número de substratos y se desarrollan tanto en medios terrestres como acuáticos.
En el reino Fungi se incluyen únicamente organismos estudiados por los micólogos. Son los hongos verdaderos de ahí que algunos autores hayan llamado a éste Eumycota.. Se ha dicho de ellos que son el ‘Talón de Aquiles’ de la naturaleza pues su papel es indispensable en la formación del suelo y contribuyen de modo primordial, suplementando la acción de las bacterias, al reciclado del carbono, el nitrógeno, el fósforo etc.
Divididos en cinco grupos principales, Ascomycota (fig. 1), Basidiomycota (fig. 4), Chytridiomycota (fig. 5) Zygomycota (fig. 6) y hongos mitospóricos, se conocen unas 100.000 especies que apenas representan el 10% de las realmente existentes, pues tras los animales los hongos es el grupo más abundante de organismos y el menos conocido después de los insectos.

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